Estou usando a versão 2.2.13, em português, do editor gráfico Gimp e vou mostrar como fazer caixas 3D como as da imagem abaixo:

Iniciando o passo-a-passo:
1º Abra o programa (dã, ok ok... essa é fácil).
2º Inicie um novo desenho, eu sugiro que escolha uma dimensão de 500x500pixels para dar um bom espaço pra trabalhar.
3º A primeira dica é selecionar as opções "Exibir grade" e "Atrair para grade". Com essas opções é mais difícil de se perder na hora de redimensionar as imagens. Você encontra essas opções no menu "Visualizar".
4º Crie uma nova camada, transparente, e dê o nome de "frente" (ou chame como quiser).
5º Clique no "olho" ao lado da camada do Fundo, pra fazê-la sumir.
6º Com a ferramenta de seleção (tecla de atalho R), desenhe a frente da caixa, na altura e largura que você imagina que sua caixa teria, se ela fosse verdadeira. (tirei a grade da tela pra imagem aparecer melhor aqui no tutorial).

8º Após deixar a frente ao seu gosto, você tem que "combinar as camadas visíveis". Antes disso, tenha certeza de que a camada do fundo esteja invisível. Para combinar, vá em Imagens -> Combinar camadas visíveis. Ou então aperte CTRL+M. Na tela que aparecerá, apenas clique em Ok.

10º Aproveitando-se da grade, faça a lateral, da caixa, exatamente da mesma altura e com a largura que quiser (tente imaginar a largura de uma caixa). Cuide também a continuação dos detalhes, esses enfeites (nesse caso, as listras azuis), dão um destaque especial ao 3D.

11º Pinte e crie o conteúdo da lateral.

13º Com a camada da frete e a camada "Fundo" invisíveis, aperte CTRL+M para combinar a camada do lado.
14º Uma vez que a camada lateral estiver combinada, é hora de começar a fazer o efeito 3D. Para isso, mais uma vez será usada a grade. Volte a clicar no olho da camada "frente" para deixá-la visível novamente.
15º Com a ferramenta de seleção (tecla de atalho R) e sua propriedade "Encolher a seleção automaticamente" ativada, selecione a camada "frente". Crie um quadro de seleção próximo ao desenho frontal. Você verá que o Gimp contorna exatamente onde deve ser selecionado.
16º A ferramenta do momento é a de mudar a perspectiva da seleção (tecla de atalho: SHIFT+P). Após selecioná-la, clique em uma lateral externa da imagem frontal e arraste-a para dentro, seguindo a grade, conforme a figura abaixo:


19º Já dá até pra dizer que é uma caixa, mas se você quiser ainda mais, pode colocar uma sombra. O jeito mais fácil é clicando no menu Imagem -> Achatar Imagem. Após isso, selecione a tal varinha mágica de seleção (eu não sei o nome da ferramenta, mas a tecla de atalho é Z), clique em qualquer área branca da imagem para ele selecionar toda a área branca, então, clique CTRL+i, para ele inverter a seleção e selecionar somente a caixa. Depois de selecionar apenas a caixa, no menu Script-Fu, o sub-menu Sombra oferece três opções de sombras. Brinque um pouco com elas. A minha brincadeira gerou esta imagem final (que mais parece um livro):

Era isso, o tutorial ficou comprido porque o espaço é estreito e porque resolvi fazer bem detalhado. Espero que aprovem.
Acabei ocupando essa minha caixa (que mais parece um livro) na página do meu tradutor.
Qualquer dúvida que tiverem, é só postar comentários. Abraço!